Мерабишвили руководил правительством менее четырех месяцев в 2012 году, в пору президентства бывшего главы Грузии Михаила Саакашвили, однако вынужден был покинуть этот пост после того, как «Единое национальное движение», членами которого являлись и он, и Саакашвили, проиграло парламентские выборы коалиции «Грузинская мечта» Бидзины Иванишвили.
Мерабишвили инкриминировалось незаконное использование в 2012 году бюджетных денег на нужды предвыборной кампании «Единого национального движения». Также, по информации Press TV, следствие обвинило его в том, что путем шантажа он вынудил одну из коммерческих компаний предоставить ему загородный дом. В итоге Мерабишвили был признан виновным во взяточничестве, присвоении бюджетных средств и злоупотреблении служебным положением.
По данному делу также был осужден бывший министр здравоохранения Грузии Зураб Чиаберашвили, однако он избежал тюремного приговора, получив в виде наказания лишь штраф. В суде Чиаберашвили заявил: «Я невиновен, и то же самое относится к Вано Мерабишвили… Я уже неоднократно заявлял, что власти оказывали серьезное давление на суд, и сейчас мы имеем результат этого давления».
Со своей стороны официальные лица Грузии, как и прежде, отрицают, что данное судебное преследование имело какую-либо политическую подоплеку.
